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365娱乐游戏ProALIGN:同源建模预测蛋白质结构新进展
浏览: 发布日期:2021-06-01

  ,聚焦周围前沿功效的同时,回首卵白质构造预测技艺兴盛经过。迎接闭切并参加社区换取商酌!

  卵白质构造预测,即从卵白质的氨基酸序列开拔,行使数学筑模伎俩和算计机轨范安排开荒相应算法,然后通过所开荒的算法修建卵白质的空间三维构造模子。依据是否操纵现有构造数据库中的构造举动模板消息,现有的卵白质构造预测伎俩可大致分为两类:同源筑模伎俩和重新预测伎俩。

  正在重新预测方面,中科院算计所卜东波团队日前正在 Nature Communications 发文,先容了一个新的神经收集架构 CopulaNet,并以其为重心开荒了卵白质构造重新预测算法和软件 ProFOLD。正在业界巨擘卵白质三维构造数据集 CASP13 的测试集上,ProFOLD 抵达了 0.7 的预测精度,优于 DeepMind 起先开荒的 AlphaFold(约为 0.5),但离 AlphaFold2(约为 0.92)尚有必然差异,目前正正在戮力赶超中。

  除了重新预测算法 ProFOLD,卜东波团队还从同源筑模伎俩入手,提出了基于模板的筑模预测伎俩 ProALIGN,闭联论文已被生物消息学顶会 RECOMB 2021 吸取。与古代的人工安排打分函数的伎俩分歧,365娱乐游戏ProALIGN 采用神经收集直接练习联配,以省略人工安排引入的私睹。目前,团队正正在将 ProFOLD 和 ProALIGN 连结,研发卵白质构造预测任职器 FALCON2,为学术界供应卵白质构造预测任职:

  摘要:基于模板的筑模(TBM)是一种通常运用的卵白质构造预测伎俩,365娱乐游戏它通过将要预测的卵白序列与具有已解析构造的卵白构造模板之间扶植联配映照来预测卵白质构造。TBM 的功能高度依赖于对象序列与模板之间的质地。与古代的人工安排打分函数的伎俩分歧,ProALIGN 采用神经收集直接练习联配。

  全体地,ProALIGN 将卵白质联配透露为一种二进制矩阵的花样,运用深度卷积神经收集练习从对象卵白和模板到最优联配的映照。操纵教练好的模子,ProALIGN 直接预测对象序列与模板的联配似然散布,并采用最大似然思念求得最优的联配,进而修建对象卵白的构造。看待 CASP13 数据上的 TBM 类对象,ProALIGN 比现有的同源筑模和 threading 伎俩获取了更高质地的预测三维构造。

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